काठमाडौ उपत्यका भित्र वितरण गरिएको पानी विश्व स्वास्थ्य संगठन (डब्लुएचओ) र नेपालकै मापदण्ड विपरीत छ। विज्ञहरूले यसलाई पिउनै नहुने भनेका छन्।

हाल वितरण गरिएको भूमिगत पानीले शरीरमा निला दाग देखापर्ने, छालाजन्य रोग, दाँत कालो बनाउने, मिर्गौलामा, कब्जियत गराउने, पाइप विगार्ने जस्ता असर देखापरिहेको चिकित्सकहरूले बताएका छन्। उपत्यकामा अधिकांश रूपमा आपुर्ति गरिएको भूमिगत पानीलाई प्रशोधन गर्ने केही केन्द्र बाहेक संस्थानको प्रशोधन प्रणालीले पानीमा भएका खतरनाक खालका तत्वहरू छान्न सक्दैनन्। पाइपबाट वितरण गरिने पानीको नेपालका लागि तोकिएको मापदण्ड ४३२/०५९ ले खानेपानीको मापदण्ड तय गरेको थियो। 'भूमिगत रूपमा निकालिएर काठमाडौ उपत्यकाभित्र वितरण गरिएको पानी यूरोप अमेरिकामा भएर खान त के कुरा छुनपनि योग्य मानिदैन् थियो।' खानेपानी संस्थानका पूर्व उत्पादन प्रमुख एवं इन्जिनियर विनोदशंकर पालिखेले भने।

जाइकाले गरेको अध्ययनले भूमिगत पानीमा एमोनिया, आइरन, म्याग्नेट, अर्गानिक पदार्थ र कडापन बढी छ। भूमीगत पानीमा विशाक्त पदार्थ एमोनियाको मात्रा अधिक छ। मापदण्डअनुसार एमोनियाको मात्रा १ दशमलब ५ मिलिग्राम प्रतिलिटर भएको पानी खान योग्य हो। तर, जाइकाले गरेको अध्ययनले काठमाडौ उपत्यका खानेपानी बोर्डले बितरण गरेको पानीमा यसको मात्रा प्रतिलिटर १ सय २० देखि १ सय ३० मिलिग्रामसम्म छ। आइरनको मात्रा शुन्य दशमलब ३ मिलिग्राम प्रतिलिटर हुनुपर्नेमा आहिले आठदेखि २० मिलिग्रामसम्म छ। भूमिगत पानीको रंग सामान्यत ५ देखि १० एनटियू हुनुपर्नेमा काठमाडौमा ३८ एनटियू छ। काठमाडौकै भूमीगत पानीमा केही प्रतिशत आर्सेनिक समेत छ। पानीविज्ञहरूकाअनुसार अन्य ब्याक्टेरिया तताएर नष्ट गरिएपनि पानीमा हुने प्रकृतिक तत्व मध्ये एमोनिया तताउँदा पनि हड्दैन्। त्यसैगरी पानीमा आइरन म्याग्निज, एकोलाइनामक हैजाको किटाणुपनि अधिक भएको अध्ययनले देखाएको छ।